Vol. 3: (The Subliminal Verses), 9.0 Live, e projectos paralelos (2003 - 2007)

No final de 2003, Slipknot começou a escrever e gravar com o tão produtor nomeado Rick Rubin, que anteriormente trabalhou com artistas comoRed Hot Chili Peppers, Johnny Cash,System of a Down, Slayer e atualmente trabalhando com os Linkin Park. A Roadrunner Records também anunciou que deixaria de distribuir álbuns na escandinávia, devido às condições financeiras. No entanto Slipknot conseguiram lidar com a gravadora Nuclear Blast Records no início de 2003 para os lançamentos na escandinávia. A banda liberou seu terceiro álbum, Vol. 3: The Subliminal Verses, em 24 de maio de 2004, que culminaram em segundo lugar na Billboard 200. Johnny Loftus do Allmusic chamou o álbum de "uma satisfação, cuidadosamente concebidos de representação da banda e da carreira, até à data", enquantoRobert Cherry da Rolling Stone disse que o álbum é "novas experiências, mesmo com condições extremas, o que, em caso do Slipknot em meios de tradição canção de suas musicas estruturadas." O título do álbum indica que este é o seu terceiro álbum, os membros posteriores mencionaram que eles não consideram Mate. Feed. Kill. Repeat.. como um álbum que reflecte a banda. Em 2004, a banda excursionou no Ozzfest pela terceira vez, do mesmo ano, eles fizeram sua primeira aparição no Download Festival. Em 2005, o Slipknot fez vários shows sem a presença de Shawn Crahan, que estava apoiando a sua esposa durante uma doença, incluindo o seu regresso ao Download Festival.